Adanya dualisme dalam klub Persebaya dan Arema yang berseteru membuat BOPI tidak merekomendasikan kedua klub ini untuk mengikuti ISL 2015.
Persebaya melaui PT Mitra Muda Inti Berlian pada tanggal 25 Mei 2015 mengajukan gugatan melalui PTUN terhadap Keputusan Ketua Umum BOPI tentang rekomendasi penyelenggaraan kompetisi tersebut.
Setelah melalui persidangan berulang kali dan mendengarkan sejumlah saksi yang dihadirkan oleh kedua pihak maka gugatan Persebaya dengan No.
Gugatan 99/G/PTUN-JKT 2015 kepada Ketua Umum BOPI dinyatakan oleh Majelis dalam Amar Putusan tanggal 1/9/2015 sebagai berikut:
1. Menyatakan Gugatan Penggugat Tidak Dapat Diterima (Niet Ontvankelijke Verklaard/NO).
2. Menghukum penggugat untuk membayar biaya perkara sebesar Rp. 261.000.
Keputusan ini dibuat berdasarkan pertimbangan hukum Majelis bahwa eksepsi/keberatan Tergugat (Ketum BOPI) yang pada pokoknya PTUN tidak berwenang memeriksa dan mengadili objek sengketa (Keputusan Ketum BOPI tentang Rekomendasi ISL 2015) mengingat rekomendasi tidak memenuhi kriteria Keputusan Tata Usaha Negara sebagaimana diatur dalam Pasal 1 angka 9 UU 5 Tahun 1986 Jo UU 51 Tahun 2009 tentang PTUN, yaitu suatu keputusan objek sengketa harus bersifat kongkrit, individual dan final serta menimbulkan akibat hukum. Sementara keputusan Ketum BOPI belum bersifat final, hanya sebagai persyaratan untuk mengajukan izin keramaian kepada pihak kepolisian,
Dengan demikian, gugatan Persebaya terhadap BOPI tidak dapat diterima. Menanggapi hasil keputusan ini, Menpora melalui Deputi 5 Bidang harmonisasi dan Kemitraan yang merangkap sebagai Kepala Komunikasi Publik Kemenpora, Gatot S. Dewa Broto menyampaikan bahwa putusan Majelis Hakim PTUN akan dihormati sebagai keputusan yang sah sesuai dengan peraturan yang berlaku. Kebijakan ini dilakukan karena sudah melaui proses yang benar, obyektif, transparan serta berlandaskan aturan hukum yang jelas dari aspek persepakbolaan dan seluruh pihak yang terkait.