Raihan 100 penampilan di Bundesliga didapat Werner saat memperkuat Leipzig melawan FC Koln pada pekan ke-5, hari Minggu (25/09/16). Musim ini, Werner selalu tampil sebagai pemain inti bersama klub berjuluk Die Bullen itu.
Werner meraih penampilan ke-100 saat dirinya berusia 20 tahun 203 hari. Rekor pemain muda dengan 100 penampilan sebelumnya dipegang oleh Julian Draxler dari Wolfsburg.
Werner memulai debutnya di Bundesliga bersama Stuttgart dalam usia 17 tahun pada 17 Agustus 2013 lalu saat menggantikan Gotoku Sakai pada menit ke-79. Debut pemain asli Stuttgart itu berakhir tidak menyenangkan dengan kekalahan 0-1 atas Bayer Leverkusen.
Aksi Timo Werner di Bundesliga.
Pemain yang besar dari klub junior Stuttgart itu seakan tak lepas dari rekor. Sebulan setelah menjalani debut, Werner mencetak gol pertamanya ke gawang Frankfurt dan menjadikannya pencetak gol termuda sepanjang sejarah Bundesliga.
Satu rekor lagi dibuat Werner saat dirinya menjadi pemain termuda yang mampu mencetak dua gol dalam satu pertandingan. Saat itu ia membuat gol ke gawang Freiburg untuk kemenangan Stuttgart dengan skor 3-1, 10 November lalu.
Musim ini, Werner bermain untuk Leipzig. Pemain bernomor punggung 11 itu langsung menjadi pemain penting dalam skema permainan yang diinginkan pelatih Ralph Hasenhuttl.
Kiprah Werner tak hanya di klub saja. Dirinya pernah menjadi bagian dari tim Jerman U-17, U-19, dan kini Jerman U-21. Dirinya kini sedang dipersiapkan untuk membela Jerman pada Piala Eropa U-21 di Polandia pada musim panas 2017.