Musim ini, Persipura tengah dilanda berbagai masalah. Bahkan, banyak dari pemainnya yang hengkang ke klub lain, salah satu contoh paling besar adalah perginya empat pemai kunci Persipura atas nama Osvaldo Haay, Nerius Alom, Ferinando Pahabol, dan Iscak Wanggai ke Persebaya. Belum lagi kepergian sementara Boaz Solossa dan Ricardo Salampessy ke Borneo FC untuk Piala Presiden 2018.
Karena tidak memiliki skuat lengkap, klub berjuluk Mutiara Hitam itu harus rela tidak mengikuti turnamen tahunan bertajuk Piala Presiden. Kompetisi yang baru saja usai tersebut pada akhirnya dimenangkan Oleh Persija Jakarta dengan mengandaskan Bali United di partai puncak.
Uniknya, Persipura Jayapura memiliki rekor bagus apabila tidak mengikuti ajang tersebut (Piala Presiden) Berkaca dari tahun 2015, mereka juga tidak ambil bagian dalam kompetisi yang sama namun berhasil menjuarai Torabika Soccer Championship setahun setelahnya.
Di tahun berikutnya, atau tepatnya di Piala Presiden 2017, Persipura untuk pertama kalinya berpartisipasi dalam gelaran kompetisi tersebut. Mereka tergabung di Grup 1 dengan Mitra Kukar, Gresik United dan PSS Sleman.
Kala itu, di Piala Presiden 2017, mereka gagal melewati fase grup karena gagal bersaing dengan Mitra Kukar. Hal yang tidak berbeda jauh terjadi di Liga 1. Boaz Solossa dkk tidak dapat berbuat banyak dan terlempar jauh berada di posisi ke-6 klasemen akhir sementara itu Bhayangkara FC yang tersenyum lantaran keluar menjadi juara.
Sejatinya hal seperti ini tak hanya dialami Persipura. Persib pun ketika menjuarai Piala Presiden 2015 tak mampu berbuat banyak di TSC 2016. Begitu pun dengan Arema yang keluar sebagai juara Piala Presiden 2017 tetapi terseok-seok di Liga 1 2017.
Ricardo Salampessy dan Boaz Solossa.Tahun ini, Persipura kembali tidak mengikuti gelaran tersebut. Akankah kejadian di tahun 2016 ketika mereka keluar sebagai juara Liga 1 setelah sebelumnya tak mengikuti Piala Presiden akan terulang? Mengingat, persiapan mereka telah matang dengan mendatangkan tiga pemain asing baru, yaitu Hilton Moreira, Abdoulaye Maiga dan yang terbaru Marcel Sacramento da Silva. Selain itu, Boaz Solossa dan Ricardo Salampessy juga sudah kembali dari Borneo dan memulai latihan bersama.